1. Đảm bảo an toàn, bảo mật thông tin.

Quá trình ký số được thực hiện dựa trên công nghệ mã hóa công khai (PKI) sử dụng thuật toán mã hóa công khai (RSA). Công nghệ này giúp xác định chính xác danh tính của người ký.

2. Đảm bảo tính pháp lý trong giao dịch điện tử

Do sử dụng công nghệ an toàn tuyệt đối nên chữ ký số đóng một vai trò vô cùng quan trọng trong việc xác định tính pháp lý của tài liệu điện tử. Bởi nó có khả năng đảm bảo tính toàn vẹn của tài liệu điện tử cũng như xác định danh tính của tác giả. Việc sử dụng chữ ký số trong giao dịch điện tử được coi là cơ sở để khẳng định giá trị pháp lý của những văn bản điện tử có giá trị tương đương với tài liệu giấy. Vì thế, chữ ký số được đánh giá là phương thức duy nhất để xác định tính pháp lý của văn bản điện tử hiện nay
3. Ngăn chặn khả năng giả mạo

Theo nghiên cứu của các chuyên gia, khả năng giả mạo chữ ký số là vô cùng thấp, trong khi khả năng giả mạo chữ ký tay có thể lên đến 55-70%.

Sau khi tài liệu điện tử đã được ký số thì không có cách nào thay đổi được, bởi mọi thay đổi dù lớn hay nhỏ đều sẽ bị phát hiện nhờ công nghệ mã hóa công khai. Khi tài liệu bị thay đổi nội dung hay chữ ký số, khóa công khai sẽ không còn tương thích với khóa bí mật nữa, đồng nghĩa với việc người nhận sẽ không thể sử dụng khóa công khai để giải mã tài liệu. Điều này có nghĩa là một khi đã ký số, tài liệu sẽ không có cơ hội thay đổi cho dù là một phần hay toàn bộ nội dung.

4. Xác định được nguồn gốc của văn bản.

Một lợi ích không thể không kể đến của chữ ký số là khả năng cho phép xác định tác giả và tính nguyên gốc của văn bản. Chính vì không thể thay đổi sau khi ký số cho nên ngay cả khi chỉ có duy nhất 1 chữ số bị chỉnh sửa thì văn bản cũng sẽ không đem lại kết quả kiểm tra trùng khớp, từ đó dẫn đến bị vô hiệu. Như vậy, để xác định tính toàn vẹn cũng như nguồn gốc của một tài liệu thì chữ ký số chính là công cụ duy nhất làm được điều này. Một văn bản điện tử được ký bởi chữ ký số sẽ được xem là căn cứ pháp lý để bảo vệ quyền lợi hợp pháp cho người tham gia giao dịch điện tử trong thời đại số hiện nay.

5. Tiết kiệm thời gian xử lý văn bản hành chính

Không chỉ giúp người dùng ký được trên văn bản điện tử, chữ ký số còn làm giảm thời gian và công sức xử lý giấy tờ cho doanh nghiệp cũng như kế toán. Thay vì phải in tài liệu, lưu trữ và ký tay từng văn bản, người dùng hoàn toàn có thể ký hàng loạt văn bản điện tử ngay trên máy tính và gửi trực tiếp cho lãnh đạo, đối tác, khách hàng,… thông qua môi trường internet.